ভ্রূণ (Embryo) হলো জাইগোট বা নিষিক্ত ডিম্বাণু থেকে বিকশিত জীবের একটি প্রাথমিক পর্যায়। সহজভাবে বলতে গেলে, জাইগোট যখন কোষ বিভাজনের (ক্লিভেজ) মাধ্যমে বহুকোষী রূপ লাভ করে এবং এর অঙ্গ-প্রত্যঙ্গ গঠন হতে শুরু করে, তখন সেই অবস্থাকে ভ্রূণ বলা হয়।
উদ্ভিদ এবং প্রাণী—উভয় ক্ষেত্রেই ভ্রূণ জীবনের একটি গুরুত্বপূর্ণ ধাপ।